По какой причине документ может попасть в дополнительный индекс ?

Таких причин несколько :

1. Явная вторичность контента.
   
   Документ с не оригинальным, копипащенным контентом, для которого уже есть прямые аналоги в основном индексе Гугла, совершенно без всяких раздумий направляется в дополнительный индекс, если только вообще попадает хотя бы даже туда.
   
   
2. Недостаточность объёма текста.
   
   Документ с пусть и оригинальным контентом, но крайне малым объёмом текста вряд ли может претендовать на особое к себе внимание. Недаром же всякие гуру настаивают на цифре в районе хотя бы пары килобайт чистого текста на страничку, не считая HTML теги форматирования.
   
   
3. Дублированность контента в рамках сайта.
   
   Если некоторые страницы одного и того же сайта очень друг на друга похожи, и мало чем различаются, то все эти документы почти наверняка никак не минуют дополнительного индекса Гугла.
   
   
4. Существенное отклонение тематики документа от основной.
   
   Если какая-то страничка сайта контекстно совершенно не вяжется с превалирующей темой ресурса, то умный Гугл может счесть её за белую ворону, и проигнорировать.
   
   
5. Плохая карма.
   
   Сайты бывают трастовые и мусорные. Ссылки с документа на трастовые сайты приобщают сам документ к большому и светлому, а вот ссылки на всяких придурков однозначно говорят Гуглу, что и сам автор документа недалеко от этих придурков ушёл. Сей документ с большой долей вероятности будет размещён в сапплементале, а при большом числе таких документов на сайте они утащат в Гугловый ад весь этот сайт целиком.
   
   
6. Скверный стиль.
   
   Гугл хорошо знаком с семантикой всех основных мировых языков, в том числе и русского. Если Вы настолько хитры, что для придания уникальности контента машинно перевели текст с одного языка на другой, а потом скормили результат Гуглу, то Гугл это всё сожрёт. Но засунет документы в сапплементал, и SEO трафика Вы с него почти не получите.